Проблемы с определением вида у бесполых организмов возникают по нескольким причинам:

• Отсутствие полового размножения. 13 К таким организмам (например, вирусам, бактериям, несовершенным грибам) нельзя применить критерий скрещиваемости. 34
• Слабая применимость морфологического критерия. 13 Эволюционно далёкие виды легко различить по внешнему виду, но в случае близкородственных видов это может быть непросто даже для специалиста. 1
• Горизонтальный перенос генов. 13 Он может происходить при передаче ДНК от одного вида к другому, что усложняет процесс классификации. 2
• Быстрые жизненные циклы. 2 Например, у бактерий, из-за чего эволюционные изменения могут происходить быстро. 2
• Постоянное изменение геномов. 2 Эволюция — постоянный процесс, и геномы постоянно меняются, что делает классификацию таких видов сложной задачей. 2

Для определения вида у бесполых организмов используют не только макроскопические структуры, но и биохимический состав, данные о последовательности ДНК и РНК. 2