Исключения в правиле чередования гласных в корнях возникают по разным причинам, например:

• В корнях гар/гор, твар/твор, зар/зор, клан/клон, плав/плов определённый гласный находится в безударной позиции, и его написание зависит от этого условия. 34 Исключениями могут быть слова, в которых в безударном положении пишется другая буква, чем обычно (выгарки, пригарь) 124.
• В корнях раст/ращ/рос/росл, лаг/лож, скак/скоч выбор гласного зависит от последующего согласного. 3 Исключениями могут быть слова, в которых согласный другой, чем обычно (росток, Ростов, Ростислав, ростовщик, отрасль, подростковый) 124.
• В корнях равн/ровн и мак/мок выбор безударного гласного зависит от общего значения корня. 3 Исключениями могут быть слова, в которых значение корня отличается от обычного (ровесник, равнина, уровень, равнение) 124.

Таким образом, исключения возникают из-за особенностей конкретных слов и их значений.