Путаница с постановкой запятых при сложном подчинении может возникать по нескольким причинам:

• Пунктуационное оформление предложений с придаточной определительной частью, присоединённой союзным словом «который». 1 К местоимению «который» могут относиться предлоги и зависимые слова, все они входят в придаточную часть. 1 Запятая в таком случае ставится перед всеми этими словами. 1
• Постановка запятой на стыке подчинительных союзов. 1 Если после внутренней придаточной части есть слово «то» (или «так», «тогда» и т. п.), то запятая не нужна, а если такого слова нет, то запятая необходима. 1
• Сложные случаи цепного присоединения. 1 Например, когда одна придаточная часть разрывает другую придаточную часть. 1 Тогда получается довольно много запятых, и их нельзя забыть поставить. 1

Также путаница может возникать, когда части сложноподчинённого предложения могут располагаться в любом порядке. 3 В таком случае запятая ставится перед первым словом, входящим в придаточное предложение, а не перед союзным словом. 3

Для правильного оформления сложноподчинённых предложений рекомендуется учитывать вид союзов, смысловые взаимоотношения частей предложения и порядок их расположения. 2