Нестабильность многозарядных ионов в масс-спектрометрии может возникать по разным причинам, среди них:

• Нестабильность ионного источника. 1 Она проявляется, например, при искровом и дуговом разрядах. 1 Неоднородный образец снижает точность результатов анализа. 1
• Образование метастабильных ионов. 23 Такие ионы имеют короткое время жизни (порядка 10–6–10–5 с) и распадаются на ион и нейтральную частицу. 3 Время жизни метастабильных ионов короче, чем время пролёта через масс-анализатор. 3
• Фрагментация многозарядных ионов. 3 Она происходит из-за того, что при ионизации молекулам передаётся большое количество энергии (до 70 эВ), а прочность химических связей составляет порядка 10–20 эВ. 3
• Влияние остаточных газов и углеводородов. 1 Они могут деформировать информационность масс-спектров, повышая насыщенность сигналов соответствующих ионов. 1

На стабильность многозарядных ионов также влияет размер молекулы: чем она больше, тем выше вероятность того, что во время ионизации она превратится в многозарядный ион. 5 Особенно сильно этот эффект проявляется в отношении крайне больших молекул, например, белков, нуклеиновых кислот и полимеров. 5