Волчеягодник обыкновенный считается редким растением в природе по нескольким причинам:

• Малочисленность. 1 В наиболее благоприятных условиях (Жигулёвский заповедник) на площадке в 100 кв. м отмечается не более 2–3 особей. 1
• Ограниченный ареал. 12 Общий ареал волчеягодника охватывает Кавказ, Западную Сибирь, Скандинавию, Атлантическую и Среднюю Европу, горы Средиземноморья и Малой Азии. 12
• Угрозы для популяции. 13 К ним относятся лесотехнические мероприятия (рубки), сбор населением в качестве лекарственного сырья, лесные пожары. 1
• Низкая семенная продуктивность. 3 Это связано с низкой надёжностью опыления. 3

Волчеягодник обыкновенный занесён в списки охраняемых растений в некоторых регионах, например в Саратовской области (категория 1(E) — вид, находящийся под угрозой исчезновения) и Республике Татарстан (категория 3(Vu) — редкий вид). 1