Водные беспозвоночные животные имеют большое значение в экосистеме пресноводных водоёмов по нескольким причинам:

• Посредничество в процессах обмена веществом и энергии. 3 Животные выступают посредниками как внутри водных экосистем, так и между ними и наземными экосистемами. 3
• Очистка воды. 13 В числе водных беспозвоночных присутствуют биофильтраторы, которые обеспечивают очистку природной воды от различных примесей, в том числе и вредных. 3
• Корм для других животных. 24 Большинство плавающих в воде микроскопических коловраток и рачков, а также копошащихся на дне червей, моллюсков и личинок насекомых, составляет пищу промысловых рыб и многих водоплавающих птиц. 2
• Биоиндикация качества водной среды. 1 Водные беспозвоночные выполняют роль биологических индикаторов, показывая своим развитием и существованием в воде степень загрязнения, тем самым определяя экологическое состояние водоёма. 1