Виды-двойники могут быть серьёзной проблемой в таксономии, потому что они практически неразличимы морфологически, но при этом являются генетически изолированными. 24

Некоторые причины, по которым это может вызывать сложности:

• Несовпадение темпов геномной и морфологической эволюции. 5 Виды-двойники находятся в начале процесса микроэволюции, то есть образования нового вида. 3 Изменения, не позволяющие им скрещиваться с особями других популяций вида-предшественника, уже появились, но выраженные морфологические особенности ещё не накопились. 3
• Отсутствие чётких критериев для диагностики. 5 Изучение ископаемых остатков таких видов затруднено из-за отсутствия чётких критериев для диагностики. 5
• Необходимость учёта различных форм изменчивости. 5 Нужно учитывать возрастную, половую, географическую и другие формы внутривидовой изменчивости, чтобы однозначно оценить таксономическое значение наблюдаемых межвидовых различий. 5

Примеры видов-двойников: шесть самостоятельных внешне неразличимых видов комаров рода Anopheles, два вида чёрной крысы, несколько видов усачей, листоедов и другие. 1