Учёт независимого наследования признаков важен при селекции растений и животных, поскольку позволяет получать потомство с разными комбинациями признаков. 12

При скрещивании особей, которые различаются по нескольким парам признаков, гены и соответствующие им признаки передаются потомству независимо друг от друга и комбинируются во всех возможных сочетаниях. 2 Это даёт возможность целенаправленно конструировать организмы с нужными признаками и свойствами. 5

Например, в селекции животных учёт независимого наследования помогает при аутбридинге (неродственном скрещивании) получать большое количество гетерозиготных организмов, что поддерживает полезные качества и усиливает их выраженность в ряду следующих поколений. 5

Также учёт независимого наследования признаков помогает снижать вредные последствия близкородственного скрещивания, переводя нежелательные рецессивные аллели в гетерозиготное состояние. 5