Правильное использование формы «колышется» в русском языке важно, потому что это соответствует грамматическим нормам. 1

Слово «колышется» — глагол первого спряжения, а в таких глаголах в личных окончаниях пишется буква «е». 14 Ошибочное написание, например «колышится», является неправильным. 13

Кроме того, форма «колышется» считается более употребительной (нейтральной), а форма «колыхается» встречается реже, обычно в разговорной или поэтической речи. 2