При проведении ПЦР важно поддерживать постоянную температуру, потому что изменение температурного режима влияет на протекание разных стадий реакции. 1

Каждый цикл амплификации состоит из трёх этапов с различными температурными режимами: 4

1. Плавление. 1 Нагревание до высоких температур приводит к разрыву водородных связей, связывающих две нити ДНК, и образованию однонитевых ДНК-матриц и праймеров. 1 Чем больше в ДНК Г+Ц оснований, тем выше температура и больше длительность этого этапа. 1
2. Отжиг. 1 Снижение температуры приводит к связыванию праймеров с комплементарными им участками однонитевых ДНК-матриц, соответствующими целевому фрагменту. 1 При неправильном подборе температуры праймеры могут связаться с неправильным участком, образовать вторичные структуры или вообще не связаться с ДНК. 1
3. Элонгация. 1 Повышение температуры до оптимальной для работы ДНК-полимеразы ведёт к инициации синтеза дочерних цепей. 1

Процесс амплификации проводится в специально программируемом термостате — амплификаторе, который по заданной программе автоматически осуществляет смену температур и временных интервалов. 4