Контроль чистоты фракций при субклеточном фракционировании важен, потому что это позволяет:

• Получить относительно чистые препараты органелл для глубокого изучения их функций. 12 Препарат должен быть как можно меньше загрязнён другими органеллами. 1
• Анализировать интересующий белок (или другой клеточный компонент) на основе его распределения по субклеточным компартментам. 4 Это даёт возможность генерировать молекулярную информацию о состоянии клетки и/или ткани и о том, как распределение белка может отличаться между различными клеточными компартментами, тканями или типами клеток в ответ на лечение или старение. 4

Присутствие в определённой фракции той или иной органеллы и наличие других компонентов определяют с помощью молекул-маркеров. 35 Обычно это органеллоспецифичные ферменты (ферменты-маркеры). 5 Распределение ферментов-маркеров в клетке отражает локализацию в ней соответствующих каталитических реакций. 3