Нарушение круговорота веществ в яблоневых садах (агроэкосистемах) происходит из-за того, что часть органических веществ изымается человеком в виде урожая. 14

При сборе урожая значительное количество органических веществ не возвращается в почву, обедняя её минеральными элементами, необходимыми для растений. 2 Чтобы восполнить эти потери, в сельском хозяйстве применяют удобрения — минеральные (соли) и органические (навоз). 1

Кроме того, в агроэкосистеме, как правило, живёт много растений одного вида (монокультура), поэтому пищевые цепи короткие и неразветвлённые, что также влияет на неустойчивый круговорот веществ. 1