Малахитовый зелёный используется в среде Левенштейна-Йенсена для того, чтобы предотвратить рост представителей сопутствующей микрофлоры, в первую очередь той флоры, которая даёт рост раньше, чем микобактерии. 1

Также малахитовый зелёный выполняет функцию рН-индикатора: появление синих зон указывает на повышение кислотности за счёт роста грамположительных контаминантов (например, Staphylococcus spp.), а жёлтые зоны выявляют контаминацию грамотрицательными бактериями. 1

Таким образом, малахитовый зелёный обеспечивает рост чистой культуры микобактерий. 5

Кроме того, среда Левенштейна-Йенсена имеет зелёный цвет именно благодаря присутствию малахитового зелёного. 5