Несколько причин, по которым в современных популяциях сложно сохранить равновесие Харди-Вайнберга:

• Небольшой размер популяции. 15 В таких условиях случайные события могут радикально изменять частоту аллелей. 1
• Неслучайное скрещивание. 1 Если особи спариваются в пределах подмножества популяции, например, в пределах ближайших соседей или близких родственников (инбридинг), случайного смешения гамет не происходит и частоты генотипов меняются. 5
• Миграция. 1 Обмен особями с другими популяциями может изменять частоты аллелей. 2
• Отбор и мутации. 15 Отбор за или против конкретных аллелей и новые мутации, добавляющие аллели к генному пулу, нарушают предположения закона Харди-Вайнберга. 1
• Распространённые в популяциях многих видов растений или животных инбридинг и самооплодотворение. 2 В таких случаях происходит уменьшение доли или полное исчезновение класса гетерозигот. 2