Несколько причин, почему в современной таксономии всё чаще применяются филогенетические методы классификации:

• Возможность объединять в общей системе таксонов отдалённые организмы. 1 Филогенетическая систематика позволяет делать это на основании обоснованных суждений о генетическом родстве между ними. 1
• Понимание эволюционной истории видов. 23 Филогенетическая таксономия помогает описать взаимоотношения между ветвями организмов или их частей, например, генов. 23
• Использование макромолекулярных данных. 3 Благодаря успехам молекулярной биологии накапливаются всё более быстрые темпы таких данных, как последовательности генетического материала (ДНК) и белков. 3 Их можно использовать как «документ» эволюционной истории. 3
• Визуальное представление эволюционных взаимоотношений. 2 Для этого учёные используют графики — филогенетические деревья. 2

В основе филогенетической систематики лежит лозунг Ч. Дарвина о том, что система должна отражать родственные (генеалогические) отношения между организмами, складывающиеся в результате эволюции. 4