Почему в современном русском языке сохраняется разделение на ночлежку и ночевку?

Разделение на «ночлежку» и «ночёвку» связано с разными значениями слов.

Слово «ночлежка» (разговорное, устаревшее) означает ночлежный дом, где предоставляют ночлег бездомным, а в ряде случаев также оказывают помощь пропитанием, деньгами или одеждой. kartaslov.ru ru.wikipedia.org

Слово «ночёвка» (существительное, женский род, 1-е склонение) имеет несколько значений: остановка где-либо на ночь для сна, отдыха, а также ночной отдых, сон (животных, птиц) ru.wiktionary.org kartaslov.ru gramota.ru .

Таким образом, разделение на «ночлежку» и «ночёвку» связано с разными контекстами употребления: первое слово относится к определённому типу заведений, второе — к общему понятию ночного отдыха.