Формы «молоть» и «мелю» сохранились в современном русском языке из-за исторических чередований звуков, которые возникли в общеславянскую эпоху (V–VI века) и свойственны большинству славянских языков. 1

В частности, чередование «е» и «о» в слове «молоть» связано с грамматическим значением глагола: в корне глаголов со значением недлительного или однократного действия употреблялся гласный «е», в корне глаголов со значением длительного, повторяющегося, многократного действия — гласный «о». 1

Также форма «молоть» произошла от древнего слова «melti» в результате отвердения «l», превращения перед ним «e» в «o», развития полногласия и отпадения безударного «и». 2