В современном ботаническом таксоне голосеменных растения объединены в разные отделы для более детального изучения и классификации их многообразия. 15

В отделе Голосеменные выделяют четыре класса: Гинкговые, Гнетовые, Саговниковые (Цикадовые) и Хвойные. 1 Это позволяет учитывать особенности строения, размножения и развития семян у разных групп голосеменных, что помогает понять их эволюционное происхождение и родственные связи. 34

Кроме того, в связи с новыми данными, полученными с помощью геносистематики, единство происхождения разных групп голосеменных от общего предка подвергается сомнению. 1 Поэтому в современной систематике голосеменные считаются внесистематической группой, включающей четыре современных и два вымерших отдела. 1