Фунгициды, применяемые по вегетации, неэффективны против твёрдой головни, потому что заражение происходит при прорастании семян, до момента выхода проростков на поверхность почвы. 2

В фазе прорастания пшеница особенно уязвима против деятельности патогена, который способен вызвать гибель неокрепших ростков. 3 В более поздних стадиях вегетации грибок не наносит столь ощутимого ущерба, но профилактическая обработка площадей посевов фунгицидными препаратами всё равно проводится, чтобы уменьшить потери от жизнедеятельности грибка. 3

Основной мерой защиты от твёрдой головни считается качественное протравливание семенного материала фунгицидами. 1