Пунктуация в сложном предложении с двойными союзами меняется в зависимости от структуры предложения: 1

• Запятая ставится, если союз соединяет однородные члены предложения. 1 Пример: «Он не только готовил отчёты, но и организовывал встречи». 1
• Запятая не ставится, если союз соединяет части сложносочинённого предложения. 1 Пример: «Как вы планировали, так и получилось». 1

Также в сложных предложениях с двойными или парными союзами может быть другая постановка знаков препинания. 3 Например, в предложении «Тёплая погода, если и вернётся, то не надолго» (простое предложение, запятая перед «если» не ставится) или «Тёплая погода, если она и вернётся, то не надолго» (сложное предложение, запятая перед «если» ставится). 3