В слове «лить» корнем может быть одна буква, потому что корень из одной буквы — не редкость в русском языке. 2

Чтобы удостовериться, что в слове «лить» корень — −ли-, можно подобрать родственные слова и выделить их общую часть: слить, залить, пролить, отлить, перелить, литьё, наливать и т. д.. 4

При изменении глагола по лицам и числам в корне происходит чередование «и» с нулём звука, и корень принимает вид −ль-. 4 Например: лить — ль-ю, ль-ёшь, ль-ёт и т. д.. 4

Также есть версия, что буква −и- в данном случае не суффикс, а часть корня. 1 Если посмотреть однокоренные слова: подливка, льёт, поливалка, изливать, отлить, то это предположение подтверждается: буква −и- выпадает из корня. 1