В слове «крыжовник» после шипящей «ж» используется буква «о», потому что при изменении слова или при образовании других слов от того же корня ударение остаётся постоянным и «о» не чередуется с «е». 2

Исторически в слове «крыжовник» «-овник» — суффикс, но в современном языке он уже не выделяется. 1