Почему в словах прутик и пруток разные суффиксы?

Возможно, имелись в виду суффиксы -ек- и -ик- в словах «прутик» и «пруток».

Суффикс -ик- пишется, если при изменении формы существительного гласная сохраняется. russkiiyazyk.ru В слове «прутик» (нет прутика) гласная не выпадает, поэтому пишется суффикс -ик-. uchi.ru russkiiyazyk.ru

Суффикс -ек- пишется, если при склонении гласная выпадает. russkiiyazyk.ru В слове «пруток» (прутка) гласная выпадает, поэтому пишется суффикс -ек-. uchi.ru

Таким образом, разные суффиксы в словах «прутик» и «пруток» связаны с разным поведением гласных при склонении.