Почему в словах чуять и нюхать разные суффиксы?

Возможно, имелись в виду суффиксы глаголов «чуять» и «нюхать».

В слове «чуять» используется суффикс -я(ть), так как это инфинитив глагола с производящей основой на другие гласные (а, е, у). oross.ruslang.ru

В слове «нюхать» есть суффикс -а(ть), так как это глагол, образованный от междометия или звукоподражательного слова с помощью суффикса -а(ть), -ка(ть). nsportal.ru prepod.nspu.ru

Таким образом, различие в суффиксах связано с разными способами образования слов.