Варианты ударения в слове «строчная» (стрОчная и строчнАя) существуют из-за исторического развития языка. 12
Изначально ударение падало на корень: «стрОчная». 1 Но с течением времени оно стало смещаться на окончание: «строчнАя». 1
При этом большинство орфоэпических словарей считает предпочтительным вариант с ударением на втором слоге: «строчна́я». 1