Беглые гласные при склонении существительных в русском языке возникают из-за исторических фонетических процессов. 2
В старославянском языке существовал закон открытого слога: каждый слог должен был быть открытым, то есть заканчиваться на гласный. 1 Поэтому ко всем словам и слогам, которые сейчас оканчиваются на согласный, раньше добавляли в конце Ъ или Ь. 1 Когда эти звуки исчезли, слова и слоги уже могли завершаться согласным. 1 Так появились нулевые окончания и беглые гласные в корне слова. 1
Например, в древнерусском языке слово «сон» выглядело так: СЪНЪ (где Ъ обозначает краткий звук О). 2 Под ударением Ъ превратился в полноценный О, а в конце слова исчез. 2 А вот в форме родительного падежа сна, наоборот, звук в середине исчез, а в конце превратился в полную гласную. 2