В русском языке возможны оба варианта рода для слова «кофе» из-за влияния иностранных языков. 1 Слово могло быть заимствовано из английского coffee, нидерландского koffie, немецкого Kaffee или французского café. 1 В нидерландском, немецком и французском это слово мужского рода, и образованные дворяне XVIII–XIX веков, изучавшие иностранные языки, вероятно, перенесли из них род слова «кофе» в русский язык. 1

С другой стороны, в русском языке существительные на «-о»/«-е» традиционно относятся к среднему роду. 1 Слово «кофе» начало выбиваться из этой закономерности ещё в XVIII веке, поэтому и появились формы «кофий»/«кофей» — наращение звука могло быть попыткой преодолеть несоответствие окончания «-е» тяге слова к мужскому роду. 1

К концу XIX — началу XX века формы «кофей»/«кофий» стали ощущаться как сниженные, просторечные и постепенно были вытеснены из литературного языка. 1 А средний род слова «кофе» стал в это время восприниматься как употребление верное. 1

Приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 01.09.2016 года за кофе официально закреплён средний род, но при этом сохранён мужской, поэтому оба варианта являются правильными. 2