Варианты написания «в глазе» и «в глазу» в русском языке существуют из-за различий в значении, которое передаётся каждым из этих выражений. 5
«В глазу» используется, когда речь идёт о внутреннем пространстве глаза, о том, что находится внутри него. 5 Например, о каком-то предмете, попавшем внутрь, или о процессах, происходящих внутри глаза. 5
«На глазу» применяется, когда речь идёт о поверхности глаза, о его внешней части. 5 Например, о какой-то повязке или о каких-то внешних проявлениях. 5
Таким образом, выбор между вариантами написания зависит от того, какое значение нужно передать в конкретном случае.
Также устаревшая форма «в глазе» сохраняется, например, в выражении «ни в одном глазе». 2