Почему в русском языке существуют такие исключения, как килограмм и граммов?

Формы «грамм» и «граммов», «килограмм» и «килограммов» — часть вариативной нормы русского языка. aif.ru

Причина появления этих форм связана с изменениями системы склонения существительных. newslab.ru Много веков назад на -ов в родительном падеже множественного числа оканчивались лишь некоторые слова мужского рода, в основном односложные. newslab.ru Остальные имели нулевое окончание. newslab.ru Со временем система склонений изменилась, и окончание -ов распространилось в просторечии на существительные женского и среднего родов и существительные мужского рода, которые традиционно сохраняли другие окончания. newslab.ru

Существуют два типа употребления этих форм: aif.ru

1. При счётном, «исчислительном» родительном падеже (употребление с числительными) слова «грамм» и «килограмм» могут иметь как нулевые окончания: «сто грамм», «пять килограмм», так и окончание -ов: «сто граммов», «пять килограммов». aif.ru
2. Во всех прочих случаях правильным будет только окончание -ов: «добавилось лишних килограммов». aif.ru