Формы глаголов «машет» и «махает» существуют в русском языке из-за взаимодействия старого и нового в языковой системе. 3
Есть глаголы-старожилы, у которых сохранились старые языковые формы, например «машет». 3 Они непродуктивные, так как большая часть глаголов на -ать предпочитает иные грамматические формы. 23 По этому образцу у глаголов со старыми, непродуктивными формами появился новый ряд форм, в том числе «махает». 2
При этом различие между формами стилистическое: «машет» — нейтральная форма, «махает» — разговорная, допустимая в непринуждённой обиходной речи. 2