Почему в русском языке существуют разные варианты написания слов с буквой ч?

Варианты написания слов с буквой «ч» в русском языке существуют не из-за произношения, а благодаря формальным правилам и соображениям этимологического и исторического порядка. ru.wikipedia.org

Некоторые примеры:

• Выбор между «чо» и «чё». ru.wikipedia.org В некоторых случаях смена написания меняет смысл слова: печёнка (печень) — печонка (маленькая печь). ru.wikipedia.org
• Выбор между «ч» и «чь». ru.wikipedia.org С «чь» пишутся преимущественно неопределённая форма и повелительное наклонение глаголов (стричь, лечь, жечься), а также именительный и винительный падежи единственного числа существительных женского рода (дочь, речь) и образованных от них наречий (вскачь, за полночь). ru.wikipedia.org
• Написание буквосочетаний «чн», «чт» и «чк». azbuka.baby.ru www.yaklass.ru Буква «ч» обозначает мягкий звук [ч’], поэтому в таких сочетаниях не используется мягкий знак. www.yaklass.ru

На произношение слов с буквой «ч» могут влиять диалектные различия. azbuka.baby.ru ru.wikipedia.org Например, в московской речи чаще встречается вариант [шн], для петербургского произношения типично [чн]. ru.wikipedia.org