В русском языке существуют фонемы, не имеющие звукового эквивалента, потому что фонема — абстрактное и идеализированное языковое представление, которое в потоке речи не всегда реализуется одним и тем же звучанием. 4 Напротив, существует ряд различных её реализаций. 4

Например, в словах «собака», «баран», «горох», «молоко» первый гласный ни в одном однокоренном слове не бывает под ударением. 2 Этот гласный может быть представителем фонемы, но какой из них, решить невозможно. 2 В таких случаях говорят о гиперфонеме — слабой фонеме, не приводимой в определённых морфемах к сильной позиции. 2

Также существуют случаи, когда одна фонема передаётся разными буквами, например, в словах с приставками на «з», «с». 1 В этих случаях фонемный принцип письма нарушается и уступает место фонетическому, то есть отображению буквой звука, а не фонемы. 1