В русском языке существуют два варианта множественного числа от слова «вафля» из-за разных падежных форм. 1

Вариант «вафель» — форма родительного падежа множественного числа. 15 Например: много вафель, нет вафель, несколько пачек вафель. 1

Вариант «вафлей» — форма творительного падежа единственного числа. 1 Например: я насытился вафлей. 1

Второй вариант «вафлей» является разговорным и в литературной речи не употребляется. 2 Ориентироваться нужно по контексту: «вафель» используется в родительном падеже, а «вафлей» — в творительном. 1