Почему в русском языке существует вариативность в образовании родительного падежа у слов растительного происхождения?

Вариативность в образовании родительного падежа у слов, в том числе растительного происхождения, в русском языке может быть обусловлена несколькими причинами:

• Исторические преобразования. dspace.kpfu.ru Вариативность является следствием объединения нескольких склонений в одно. elib.rshu.ru Например, флексию -а/-я в родительном падеже имели существительные древнерусского склонения на – о-, -jо- (стола, брата, города, коня, моря), а флексию -у/-ю — существительные с основой на –j- (сыну, меду, полю, дому), которые слились в одну группу после XIII века. elib.rshu.ru
• Влияние на литературный язык архаических форм, диалектов и различных стилей разговорной речи (в основном просторечий). elib.rshu.ru
• Зависимость от значения родительного падежа и характера словосочетаний. dspace.kpfu.ru Например, варианты с нулевой флексией характерны для партитивного значения родительного падежа и реализуются обычно в стандартных количественных сочетаниях (килограмм мандарин). dspace.kpfu.ru При обозначении же отдельных, считаемых предметов, как и в иных объектных словосочетаниях, наиболее типичным представляется употребление вариантов на -ов (пять апельсинов, запах апельсинов). dspace.kpfu.ru

В основном имена существительные, обозначающие название овощей и фруктов, в форме родительного падежа множественного числа имеют окончание -ов. nsportal.ru