Почему в русском языке существует такая разница между правописанием корней -бер- и -бир-?

Разница в правописании корней -бер- и -бир- связана с чередованием гласных в корне. www.yaklass.ru

Чередование — изменение гласных в корне из-за определённых условий: ударения, значения, последующих букв, обозначающих согласные звуки, или наличия/отсутствия суффикса за корнем. www.yaklass.ru

Правило для корней -бер- и -бир- гласит: «И» пишется, если за корнем есть суффикс -А, «Е» пишется, если этого суффикса нет. www.yaklass.ru

Примеры:

• Корень -бир-: собирать, выбирать. uchi.ru
• Корень -бер-: берём, выберем. uchi.ru