Различие между буквами «е» и «э» в русском языке связано с качеством предшествующего согласного (мягкий или твёрдый). 1

Буква «е» в исконно русских словах обозначает звук [э] после мягких согласных. 24 Например: лес [л’эс], белка [б’элка]. 5

Буква «э» традиционно употребляется для обозначения звука [e] в начале слова и в небольшой группе заимствованных слов, где произношение только твёрдое. 1 Примеры: мэр, пэр, сэр, бэр, пленэр, рэкет. 1

Таким образом, различие связано с историей языка: буква «е» закрепилась в алфавите раньше, и в исконно русских словах буква «е» стала обозначать мягкость согласных, а «э» использовали в заимствованиях, где было характерно твёрдое произношение. 4