Почему в русском языке существует разделение на существительные с суффиксом -ин и -ен?

Возможно, имелись в виду различия между суффиксами -ин- и -енк-.

Суффикс -ин- образует существительные со значением, например:

• видов рыбы и мяса (осетрина, баранина); prepod.nspu.ru
• одного предмета из ряда одинаковых (горошина, соломина); prepod.nspu.ru vk.com
• отвлечённых признаков (глубина, седина); prepod.nspu.ru
• результата или орудия действия (перекладина, отметина, царапина); prepod.nspu.ru
• лица, которое является представителем какой-либо нации, гражданином какого-либо государства, жителем или уроженцем какой-либо страны (грузин, татарин, мордвин). prepod.nspu.ru

Суффикс -енк- пишется в остальных случаях. russkiiyazyk.ru

Таким образом, разделение связано с разными сферами образования существительных: суффикс -ин- чаще используется для обозначения определённых значений, а суффикс -енк- применяется в других случаях.