Почему в русском языке существует несколько версий написания слова дилювий?

Возможно, имелись в виду различия между терминами «дилювий» и «делювий», которые по звучанию похожи. en.wikipedia.org web.archive.org

Слово «дилювий» (от лат. diluvium — «потоп, наводнение, паводок») первоначально было предложено У. Баклендом и обозначало библейский всемирный потоп. web.archive.org dic.academic.ru Позднее библейский контекст был утрачен, и термин применялся в точном значении. web.archive.org Современный термин и понятие «дилювий» предложил российский геолог А. Н. Рудой в начале 1980-х годов. web.archive.org

Слово «делювий» (введённое А. П. Павловым) использовалось для обозначения продуктов выветривания и изменения горных пород, переносимых наклонным смывом и отложившихся на склонах и равнинах. en.wikipedia.org

Таким образом, различия связаны с разными значениями и историей употребления терминов.