Несколько причин, по которым в русском языке сохраняется омонимия:

• Заимствование иноязычных слов. 1 Может произойти формальное совпадение в звучании и написании слова-заимствования и исконно русского. 1 Например, существительное «брак» в значении «семейные отношения» и его омоним «брак» в значении «испорченные, недоброкачественные, с изъяном предметы производства». 1
• Образование новых слов. 1 При образовании новых слов из имеющихся в языке корней и аффиксов также появляется немало омонимов. 1 Например, городище — «место древнего поселения» и городище — увеличительное от слова «город». 1
• Фонетические и морфологические процессы. 1 Омонимами становятся исконно русские слова, претерпевшие различные изменения в результате фонетических и морфологических процессов, происходящих в языке. 1 Например, слово «лук», означающее старинное оружие, некогда имело носовой гласный, который со временем стал звучать как [у]. Это привело к совпадению этого слова с другим словом «лук», означающим огородное растение. 1
• Распад многозначности. 3 Отдельные значения многозначных слов настолько расходятся, что уже не воспринимаются как принадлежащие одному слову. 1 Например, два омонима «лавка» — «предмет для сидения» и «лавка» — «торговое помещение» образовались в результате распада многозначного слова. 3