Несколько причин, по которым в русском языке слово «кофе» приобрело средний род:

• Влияние иностранных языков. 3 Слово «кофе» могло быть заимствовано из английского coffee, нидерландского koffie, немецкого Kaffee или французского café. 3 В нидерландском, немецком и французском это слово мужского рода, и образованные дворяне XVIII–XIX веков, изучавшие иностранные языки, вероятно, перенесли из них род слова «кофе» в русский язык. 3
• Форма слова. 5 В русском языке существительные, которые оканчиваются на «е», обычно относятся к среднему роду: «поле», «лезвие», «кафе». 5 Слово «кофе» по своим признакам тоже должно уподобляться им, поэтому носители языка употребляют его в среднем роде. 5

Официально средний род за словом «кофе» закреплён приказом Министерства высшего образования и науки РФ от 2016 года, но при этом сохранён и мужской род. 12