Слова «небо» и «небеса» имеют разные окончания в множественном числе, потому что форма множественного числа слова «небо» — «небеса», а не «неба», как у большинства существительных, заканчивающихся на «о» (село — села, весло — вёсла, число — числа, слово — слова, окно — окна, яйцо — яйца). 1

Это объясняется тем, что в праславянском языке эта группа слов имела формообразующий суффикс «ес». 1 Согласно языковым закономерностям, конечный «с» в этой основе отпал, а звук «е» перешёл в «о». 1

Таким образом, слово «небеса» сохраняет древнюю трёхморфемную структуру: неб — корневая морфема, -ес — основообразующий суффикс, -а — окончание множественного числа. 3