Слово «пень» в русском языке считается существительным мужского рода, потому что оно всегда имело такое происхождение. 2

В индоевропейском праязыке, дальним потомком которого является современный русский язык, большая часть имён существительных мужского рода имела в форме номинатива (именительного падежа) единственного числа окончание -s. 2 Если слово «пень» является по происхождению индоевропейским и всегда имело мужской род, то когда-то его «предок» в номинативе единственного числа имел окончание -s. 2

Со временем различие между словами, которые были разного рода, стёрлось, поэтому в современном русском языке они имеют одинаковое окончание в форме именительного падежа единственного числа. 2

Также для определения мужского рода имён существительных, оканчивающихся на мягкий знак, можно подставить для проверки местоимения «он, мой». 3