Почему в русском языке отсутствуют четкие правила для обозначения гласных звуков буквами е, ё, ю, я?

Чёткие правила для обозначения гласных звуков буквами Е, Ё, Ю, Я отсутствуют из-за фонетических процессов, происходящих в языке, в частности позиционного чередования звуков. znaika.ru

Дело в том, что звуков в русском языке значительно больше, чем букв, и некоторым буквам приходится обозначать несколько звуков. znaika.ru Буквы Е, Ё, Ю, Я относятся к таким буквам. znaika.ru ismart.org

В разных позициях в слове они могут обозначать разные звуки: ismart.org

• Два звука — если находятся в начале слова, после любой другой гласной или после твёрдого и мягкого знаков. znaika.ru Примеры: ель [й’эл’], ёлка [й’о], юг [й’у], ящер [й’а]. ismart.org
• Один звук — если стоят после согласного и указывают на его мягкость. znaika.ru Примеры: м[э]ра, пол[о]т, кл[у]в, с[я]ду. znaika.ru

Звуки, обозначаемые буквами Е, Ё, Ю, Я, называют йотированными, потому что в их образовании участвует звук й или йот. znaika.ru