Единый подход к транскрипции звуков «ю» и «я» в русском языке отсутствует из-за позиционного чередования звуков, то есть замены, которая зависит от места (позиции) звука в слове. 1

Буквы «ю» и «я» могут обозначать один звук, если стоят после согласного и указывают на его мягкость. 1 Например: м[э]ра, пол[о]т, кл[у]в, с[я]ду. 1

Два звука эти буквы обозначают, если находятся в начале слова, после любой другой гласной или после твёрдого и мягкого знаков. 1 Тогда они называются йотированными гласными, потому что в их образовании участвует звук «й» или «йот». 1 В транскрипции он обозначается так: «ю» — [йу], «я» — [йа]. 3