Почему в русском языке некоторые слова пишутся и произносятся одинаково, но имеют разный морфемный состав?

Слова, которые пишутся и произносятся одинаково, но имеют разный морфемный состав, называются омофонами. repetitor.1c.ru ru.wikipedia.org

Несколько причин возникновения омофонов в русском языке:

• Совпадение звуков в процессе исторического изменения языка. repetitor.1c.ru Одни и те же звуки могут означать разные вещи из-за различных процессов изменения значений. repetitor.1c.ru
• Омофоны в заимствованиях. repetitor.1c.ru При адаптации заимствованных слов их звучание может совпасть с русскими словами. repetitor.1c.ru
• Редукция гласных звуков в безударных позициях. repetitor.1c.ru ru.wikipedia.org Некоторые слова теряют в звучании различия, особенно на конце или в слабых позициях, что приводит к их одинаковому произношению. repetitor.1c.ru
• Оглушение согласных звуков, когда последние поставлены в конце слова либо перед другим согласным. multiurok.ru ru.wikipedia.org

Примеры омофонов: «лук» (овощ) и «лук» (оружие), «плод» (продукт растения) и «плот» (плавсредство), «претендент» (тот, кто претендует) и «претензия» (требование). repetitor.1c.ru