Несколько причин, по которым в русском языке некоторые слова могут иметь нетипичную структуру корня:

• Изменение лексических значений слов. 1 Например, пара «крыло — крыльцо». 1 Сейчас эти слова не соотносятся, а в древнерусском языке они соотносились как производящее и производное. 1
• Изменение звукового состава слов. 1 Например, слова «поволока», «наволочка», «обволакивать», «оболочка», «облако» являются однокоренными, но их морфологическая структура различна. 1
• Выпадение из словаря соотносительных производных основ или родственных слов. 1 Например, сейчас слова «рубаха», «лебедка», «ямщик» являются непроизводными, но ранее они имели иной «статус». 1
• Чередование согласных. 3 В русском языке для упрощения произношения исторически сложились замены некоторых букв. 3 При этом слова остаются однокоренными, хоть корни могут быть непохожи друг на друга. 3