В русском языке не существует звуков [ё] и [э] в некоторых позициях, потому что буквы «ё» и «э» в определённых случаях обозначают не один, а два звука. 12
Буква «ё» в начале слова, после разделительных «ь» и «ъ», а также после других гласных звуков обозначает звуки [й’о]. 1
Буква «э» в исконно русских словах звук [э] употребляется только после мягких согласных и обозначается буквой «е». 5 Твёрдое произношение гласного [э] характерно только для заимствованных слов, с чем и связано ограничение возможностей буквы «э». 5
Таким образом, отсутствие звуков [ё] и [э] в некоторых позициях связано с особенностями фонетической системы русского языка, когда буквы в определённых положениях обозначают не один, а два звука.