Корень -ня- считается устаревшим, потому что варианты корней -ня-/-ним- практически полностью вытеснили корни -я-/-им- из глагольных форм. 1

При этом старые корни по-прежнему актуальны для отглагольных существительных. 1

Кроме того, есть мнение, что корень -ня- в некоторых словах, например «вынуть», впоследствии был переосмыслен как суффикс -ну- (как в словах «сунуть», «дунуть»). 5