Почему в русском языке используются две буквы для обозначения одной фонемы?

В русском языке две буквы могут обозначать один звук (фонему) из-за слогового принципа, согласно которому сочетание согласной и гласной букв представляет собой цельный графический элемент, буквосочетание. moluch.ru

Значение согласной буквы уточняется последующей гласной (смягчающей или несмягчающей). moluch.ru Таким образом, согласная буква не обозначает ни твёрдости, ни мягкости, эту функцию берёт на себя гласная. moluch.ru

Примеры слов, где две буквы обозначают один звук: моется [мо́ица], несся [н’о́с’а]. gramota.ru