Глагол «быть» часто встречается в отрицательных конструкциях в русском языке, возможно, из-за особенностей его «связочности». 1
При отрицании именного сказуемого в целом (а не именной части только) связка с глаголом «быть» обязательна, так как она сливается с отрицательной частицей. 1
Например: «Ивана нет дома». 1
Также есть мнение, что в отрицательном контексте глагол «быть» может обозначать не продолжительность состояния наблюдаемого отсутствия, а продолжительность состояния ненаступления события. 3
Пример: «Я две недели не был дома» может означать «отсутствовал» или «ни разу не побывал». 3